RESUMO
The diagnosis of Chikungunya (CHIKV), along with the simultaneous monitoring of virus circulation in the population or vectors, is essential for global health. Although effective diagnostic methods for CHIKV, such as RT-qPCR, exist, their utilization is constrained by high costs. With the aim of contributing to the field of diagnostics, we have developed a diagnostic assay using isothermal amplification technology with visually interpretable results. This test can detect the virus within a maximum timeframe of 30 minutes. The detection limit of RT-LAMP CHIKV was found to be 66 copies of RNA molecules (Ct â 31.28), and no cross-reactivity with other arboviruses was observed. During test validation, our assay demonstrated a sensitivity of 80.43%, specificity of 100%, and an overall accuracy of 88.89%. By utilizing more cost-effective reagents and equipment compared to RT-qPCR, this test holds the potential for broader application and enhanced accessibility, particularly in point-of-care settings.
Assuntos
Febre de Chikungunya , Vírus Chikungunya , Humanos , Febre de Chikungunya/diagnóstico , Análise Custo-Benefício , Sensibilidade e Especificidade , Técnicas de Diagnóstico Molecular/métodos , Vírus Chikungunya/genética , Sistemas Automatizados de Assistência Junto ao Leito , Técnicas de Amplificação de Ácido Nucleico/métodos , RNA Viral/genética , RNA Viral/análiseRESUMO
Metodologias moleculares baseadas em PCR têm sido utilizadas para detectar adenovírus (AdVs) em amostras ambientais. É consenso entre os pesquisadores que estas metodologias oferecem vantagens sobre os métodos tradicionais de isolamento viral por cultura celular, sendo mais sensíveis, específicas e propiciando menor tempo de diagnóstico; contudo, há divergências em relação ao método de concentração viral a ser utilizado em amostras ambientais. Assim sendo, realizou-se uma metanálise com o intuito de responder aos questionamentos concernentes à eficácia do uso de três metodologias de concentração viral associadas à detecção molecular de AdVs em amostras de águas não tratadas, para a qual foram selecionados 33 estudos. Concluiu-se que: a) PCR não deve ser o método de escolha para detectar AdVs em amostras ambientais, devendo-se priorizar qPCR ou Nested-PCR; b) para detectar AdVs em amostras de rios ou lagos, a metodologia de escolha deve ser a associação entre ultracentrifugação e Nested-PCR; c) é aconselhável utilizar associação entre microfiltração em membrana, ultrafiltração e qPCR para detectar AdVs em amostras de esgotos tratados e não tratados. Estudos adicionais são necessários para avaliar os métodos que foram empregados em um único estudo e/ou com número escasso de amostras.
La detección de adenovirus (AdVs) en muestras ambientales se realiza por medio de metodologías moleculares basadas en PCR. Existe consenso entre los investigadores que estas metodologías ofrecen algunas ventajas en comparación con los métodos tradicionales de aislamiento de virus por medio de cultivos celulares; sin embargo, el método que se debe usar para concentrar los virus en muestras ambientales todavía es controversial. Por consiguiente, realizamos un meta-análisis dirigido a responder las preguntas respecto a la eficacia de tres métodos de concentración de virus asociados a la detección molecular de AdVs en muestras de agua no tratada, seleccionando 33 estudios. Concluimos que: a) el PCR no debe ser el método de elección para la detección de AdVs en muestras ambientales y que en vez debe usarse prioritariamente el método de qPCR o PCR-Anidada; b) para la detección de AdVs en muestras de agua tomadas de ríos o lagos, el método de elección debe ser una asociación de ultracentrifugación y PCR-Anidada; c) es aconsejable usar una asociación de membrana de microfiltración, ultrafiltración y qPCR para la detección de AdVs en muestras de aguas negras tratadas o no tratadas. Se necesitan más estudios para evaluar los métodos que se han usado en un solo estudio y/o con un número escaso de muestras.
Molecular methodologies based on PCR have been used for the detection of adenovirus (AdVs) in environmental samples. It is a consensus among researchers that these methodologies offer some advantages compared with traditional methods for the isolation of virus by cell culture, since they are more sensitive and specific and also require less processing time; however, the method to be used for virus concentration in environmental samples is still controversial. Consequently, we carried out a meta-analysis, aiming at responding the questions concerning the efficacy of three methods for virus concentration associated to the molecular detection of AdVs in untreated water samples, by selecting 33 studies. We concluded that: a) PCR should not be the method of choice for the detection of AdVs in environmental samples, and instead the use of qPCR or Nested-PCR should be prioritized; b) for the detection of AdVs in water samples collected in rivers or lakes, the method of choice should be an association of ultracentrifugation and Nested-PCR; c) it is advisable to use an association of microfiltration membrane, ultrafiltration, and qPCR for the detection of AdVs in treated and untreated sewage samples. Further studies are needed to evaluate the methods that have been used in only one study and/or with a limited number of samples.
